20 апреля 1992 года приказом ГТК России № 131 образовано Северо-Кавказское таможенное управление, которое стало третьим региональным управлением в России после Северо-Западного и Дальневосточного. Так начался новый этап в многовековой истории развития таможенного дела на Юге современной России.
Первоначальная цель, поставленная перед сотрудниками управления, – за короткое время создать многофункциональную таможенную службу, способную обеспечивать экономическую безопасность России и защищать ее национальные интересы. В 2000 году в связи с созданием Южного федерального округа Северо-Кавказское таможенное управление было переименовано в Южное таможенное управление.
Сегодня в структуру ЮТУ входят 8 таможен, в том числе специализированная Южная оперативная таможня, 50 таможенных постов, общая численность сотрудников составляет около 6 тысяч человек. Руководит Южным таможенным управлением генерал-лейтенант таможенной службы Александр Гетман.
Также в г. Ростове-на-Дону действует Ростовский филиал Российской таможенной академии, два филиала специализированных таможенных управлений и Поликлиника №1 ФТС России.
Регион ответственности ЮТУ охватывает территорию Южного федерального округа площадью почти 417 тысяч квадратных километров, на которых расположены 6 административно-территориальных единиц - субъектов Российской Федерации, где проживает более 14 млн человек. С трех сторон его окружают внешние границы РФ: с Украиной на западе, с Казахстаном на востоке, с Абхазией на юге. Общая протяженность границы составляет более 1 606,2 км, в том числе с Украиной – 600,2 км, с Абхазией – 256, с Казахстаном - 750 км. Протяженность государственной границы Российской Федерации по береговой линии составляет 1 527,1 км, из них: в Азовском море - 182 км, в Черном море - 970,1 км, в Каспийском море - 375 км.
В том, что Юг России получил мощный импульс в экономическом и социальном развитии, есть несомненная заслуга и таможенников. После своего создания ЮТУ принимает энергичные меры по развитию и совершенствованию таможенной инфраструктуры региона, улучшению управляемости таможенной службы, повышению эффективности таможенного контроля, защите экономических интересов страны на Юге России.
Пресс-служба Южного таможенного управления