Законопроектом предусматривается, в частности, разделение особых экономических зон на федеральные и региональные (с различным порядком создания и функционирования, с различным объёмом преференций). Поправками к законопроекту предлагается изменение схемы управления ОЭЗ, упрощение порядка получения и лишения статуса резидента ОЭЗ.
В частности, предлагается предусмотреть возможность ликвидации ОЭЗ в случае признания её деятельности неэффективной в течение трёх лет подряд. Также будет возможно изменение схемы финансирования создания ОЭЗ путём исключения необходимости докапитализации АО «Особые экономические зоны». Кроме того, предполагается расширение перечня разрешённых видов деятельности на территориях ОЭЗ.