На RDP клиента была похожая проблема. У сервера пять клиентов, но только один из них не пробрасывает етокен. Следовательно, переустановка винды клиента решила проблему. Оказалось, что сервер не был виновен.

On the RDP client, there was a similar issue. On the server, there are five clients, one of which does not forward Etoken. dordle

Была похожая проблема на RDP клиенте. На сервере 5 клиентов и у одного не пробрасывается Етокен. В итоге переустановка винды на этом клиенте решила проблему. Сервер оказался не виноват.

На самом деле эта тема прикреплена на всякий случай. Проблема с патчем была в течение пары дней. Сейчас шанс попасть на неё близок к 0. А по поводу настройки ЭП на терминале, если не видно - проверить, что:
1) На компьютере клиента ЭП видна (стоят драйвера ЭП)
2) На RDP клиенте включен проброс смарт-карт
3) На сервере в Крипто-про включены считыватели смарт-карт и Крипто-про доступна терминальному пользователю.

Это вопрос или предостережение?
По заголовку вопрос, по телу не вопрос.
Обновление на самом сервере или на клиентских местах?

И неплохо бы озвучить и расписать про "все возможные причины уже проверили". Нам на будущее тоже будет полезно знать.

ЭЦП не видна на терминальном сервере, т.е. не работает проброс в сессии (ранее все работало),
При этом все возможные причины уже проверили!
У Microsoft был один пакет обновлений [KB2830477] Его нужно удалить.
(самим Microsoft'ом этот пакет уже отозван 19.11.13, но у некоторых этот пакет установлен)