За всю историю существования Алтайской таможни было выявлено несколько фактов попытки вывоза культурных ценностей. Например, в 2005 году в аэропорту Барнаула алтайские таможенники задержали девушку, которая пыталась вывезти в Германию исторический раритет - православный крест, изготовленный в начале 19 века. Крест она положила в ручной багаж и не задекларировала, надеясь «проскочить». Девушка призналась, что знала о необходимости получения разрешительных документов на вывоз предмета в местном отделении Минкультуры, но вся эта процедура представилась ей слишком хлопотной.
В 2006 году в том же аэропорту сотрудники Алтайской таможни выявили попытку незаконного вывоза за рубеж старинной иконы Богоматери «Казанской». 54-летний гражданин РФ также пытался провезти ее в своем багаже не задекларировав и не имея разрешительных документов.
В феврале 2007 года при проведении таможенного контроля международного пассажирского поезда «Алматы-Новосибирск» в железнодорожном пункте пропуска на станции Локоть в Рубцовском районе Алтайского края у одного из пассажиров сотрудники Алтайской таможни изъяли незаконно вывозимые предметы старины, среди которых были звезда ордена св. Георгия, крест ордена св. Владимира III степени, медаль «950-летие крещения Руси», орден св. Георгия IV степени, старинные серебряные карманные часы на цепочке, вензеля, старинные кокарды, эполеты с золотым шитьем, крест священника, офицерская лядунка (сума для боеприпасов), бронзовые ленты «За отличие» на головные уборы. По словам нарушителя, 35-летнего гражданина Украины, проживающего в Москве, он приобрел эти предметы в Казахстане для своей коллекции.
В феврале 2010 года Алтайская таможня передала в фонды Алтайского государственного краеведческого музея довольно редкую, по оценкам специалистов, коллекцию старинных монет и банкнот, выпущенных в разное время в 80 странах. Четыре месяца посылка из-за рубежа пролежала на складах у таможенников, а затем коллекция денежных единиц по решению суда была обращена в пользу государства – законный владелец не предпринял никаких мер по ее таможенному оформлению. Самый старинный экспонат коллекции – австрийская серебряная монета, отчеканенная в 1851 году. Среди нумизматов и банкнот есть деньги Японии, Италии, Голландии, Латвии, Великобритании и многих других стран.
Алтайская таможня напоминает, что перемещение через таможенную границу культурных ценностей, оружия, боеприпасов, лекарственных средств, ограничен и возможен только при наличии разрешительных документов, которые выдаются уполномоченными органами. При вывозе культурных ценностей необходимо иметь соответствующее разрешение Министерства культуры РФ. Ближайшее к Алтаю его представительство - Сибирское управление Министерства культуры РФ (г. Новосибирск, Красный проспект, 25, т. (383) 203-50-62). При вывозе товаров, не являющихся культурной ценностью (например, картины, иконы, скульптурные произведения и др.), предъявляется соответствующее заключение указанного органа. Культурные ценности также запрещено пересылать в международных почтовых отправлениях.
В Алтайской таможне вот уже почти 10 лет существует уголок истории. Работа по сбору и накоплению материала для создания музея в Алтайской таможне началась с 2000 года, когда была учреждена Книга почета, Летопись, Книга ветеранов Алтайской таможни, которые получили статус номенклатурных дел с постоянным сроком хранения. За шесть лет в альбомы было собрано более 60 очерков о должностных лицах, внесших весомый вклад в становление таможенного дела на Алтае, занесены в Летопись знаменательные и памятные события.
Должностные лица отделения инспектирования и профилактики правонарушений изучили опыт музеев и музейных экспозиций, существующих в городе Барнауле, для выработки собственной концепции музея таможни.
При обсуждении концепции музея, руководство таможни решило, что в музее будет собрана, в основном, история Алтайской таможни с отражением ее территориальной принадлежности, а также обзорный материал по Сибирскому таможенному управлению. История таможенного дела нашла отражение в виде лекционного и иллюстративного материала с обязательным использованием в лекциях по общественно-государственному ориентированию и лекциях для слушателей курсов первоначальной подготовки.