Ернар Бакенов родился в 1974 году в г. Караганда (Казахстан). Окончил Карагандинский государственный университет (специальность по образованию – экономист).
Трудовую деятельность начал в 1996 году в филиале Народного банка Ленинского района г. Караганда.
С 1997 по 2007 годы работал в таможенных органах Республики Казахстан, в городах Костанай и Караганда, занимал должность начальника отдела таможенного оформления Таможенного комитета Республики Казахстан.
С 2008 по 2012 годы – главный эксперт, заместитель директора департамента, директор департамента АО «Центр развития торговой политики».
С июня 2012 года по апрель 2017 года занимал должность директора Департамента международной экономической интеграции Министерства национальной экономики Республики Казахстан.
С апреля по сентябрь 2017 года – Вице-министр национальной экономики Республики Казахстан.
С июня 2018 года по январь 2023 года – помощник члена Коллегии по конкуренции и антимонопольному регулированию Евразийской экономической комиссии.
В феврале 2023 года назначен на должность директора Департамента развития предпринимательской деятельности Евразийской экономической комиссии.