Здание вокзала Керчь-Южная имеет два главных фасада: одним оно обращено к железнодорожным путям, а противоположным - к городу, формируя вокзальную площадь. Фасады оформлены в традициях русского классицизма для поддержания архитектурного стиля вокзалов станций Керчь и Чистополье. Тема арочных проемов окон и порталов, ограниченных пилястрами в простенках, придает вокзалу торжественно-парадный вид.
Комплекс рассчитан на 200 человек - пассажиров дальнего следования и пригородных поездов. Внутри есть залы ожидания и прибытия, кассовый зал, комната для пассажиров с детьми, административные помещения, санитарные зоны, медицинский пункт, автоматические камеры хранения. Также для маломобильных групп населения установлены тактильно-звуковые мнемосхемы, световые маяки для дверных проемов, уложена тактильная плитка.
