В это время появились первые упоминания о торговых пошлинах, которыми были обложены предметы потребления на пути их следования от производителя к потребителю. Торговцы, провозившие товары через заставы у крупных селений, на рынках и у городских ворот, платили мыт. Его собирали княжеские чиновники (мытники). Самая древняя из них, «мыто», упоминается ещё в Русской правде Ярослава Мудрого (XI век). По мере становления государства торговцы начали платить не только за количество товара, но и учитывать его качество и ценность.
В период феодальной раздробленности на Руси в XI – начале XIII века в связи с ростом числа княжений и внутренних границ между ними мыто стало одной из самых доходных внутренних торговых пошлин. По мере становления Российского государства: торговцы начали платить не только за количество товара, но и учитывать его качество и ценность.
В середине XIII века монголо-татары ввели свою пошлину – тамгу, которая пришла на смену мыту. Тамга (с тюркского) означала знак собственности, клеймо или печать. Со временем её название перешло на все сборы, получившие название таможенных, и на места их сбора, таможню.
К середине XVI века, с образованием Московского государства, сбор пошлин был централизован и регламентировано таможенное обложение.
В 1571 году царём Иоанном IV Грозным был принят «Таможенный устав», который стал первым профильным законом. В 1649 году при царе Алексее Михайловиче было принято «Соборное уложение», в котором определяются новые на тот момент нормы таможенного регулирования.
Петр I учредил должность таможенного бурмистра, таможенные органы перешли в ведение Коммерц-коллегии (внешние таможни) и Камор-коллегий (внутренние таможни). В начале XIX века коллежская система управления сменилась на министерскую, и 1811 году функция управления таможнями перешла в Департамент внешней торговли, включённый в состав Министерства финансов.
В 1865 году Александр II превратил таможню в самостоятельное звено, выделив её из Департамента внешней торговли Министерства финансов России.
После революции 1917 года в Советской России была объявлена государственная монополия внешней торговли. Таможенная служба перешла под контроль созданного в 1918 году Главного управления таможенного контроля Народного комиссариата (наркомата) торговли и промышленности.
В 1924 году был принят Таможенный устав СССР – первый кодифицированный акт по таможенному делу. Главной задачей таможенных органов стал контроль над экспортно-импортными операциями в рамках государственной монополии внешней торговли.
В 1964 году введён в действие Таможенный кодекс СССР. Согласно его положениям таможня вошла в подчинение Министерству внешней торговли СССР.
25 октября 1991 года образован Государственный таможенный комитет России.
В 2004 году Государственный таможенный комитет Российской Федерации преобразован в Федеральную таможенную службу.
