Деятельность таможенной службы тесно связана с Минтрансом России, особенно в контексте работы в пунктах пропуска через госграницу. В частности, ведомства продуктивно сотрудничают по вопросам развития инфраструктуры и технического оснащения пунктов пропуска. Наглядный пример эффективного взаимодействия - модернизация МАПП «Верхний Ларс».
В ходе встречи стороны обсудили обширные задачи, которые ведомствам предстоит реализовать для исполнения поручений Президента РФ, прежде всего, по сокращению « типового времени» досмотра грузового транспорта до 10 минут.
За последнее время глава ФТС ознакомился с работой пунктов пропуска на Юге, Дальнем Востоке, Северо-Западе России.