Приказом ФТС от 30.05.2025 № 484 установлено, что с 1 июля 2025 года Калининградская областная таможня переподчиняется Северо-Западному таможенному управлению без изменения ее местонахождения, штатной численности и регионов деятельности.
С 1 июля КОТ и таможенным постам КОТ присваиваются новые коды таможенных подразделений.
В настоящее время Калининградская таможня подчиняется непосредственно ФТС России.
