Эрнест Анатольевич Матвиенко родился 4 июня 1968 года в Приморском крае. В 1996 году окончил Дальневосточный государственный университет (сейчас Дальневосточный федеральный университет).
Начал службу в таможенных органах с должности инспектора отдела таможенных расследований Дальневосточного таможенного управления. С 2002 по 2007 годы занимал должность начальника отдела административных расследований Дальневосточной оперативной таможни. С 2007 по 2018 годы был начальником службы таможенной инспекции (службы таможенного контроля после выпуска товаров) Дальневосточного таможенного управления. С сентября 2018 занимал должность заместителя начальника Дальневосточного таможенного управления – начальника службы.
Награжден почетным званием «Заслуженный таможенник Российской Федерации», имеет награды ГТК России и ФТС России.