В соответствии с указом Президента РФ от 12.05. 2008 N 724 «Вопросы системы и структуры федеральных органов исполнительной власти» сформирована структура федеральных органов исполнительной власти. Установлено, что Федеральная таможенная служба входит в состав федеральных служб и федеральных агентств, руководство деятельностью которых осуществляет Правительство РФ.