Службу в таможенных органах Агепсим Ашкалов начал с 1994 года. Прошел все ступени служебной лестницы, начинал инспектором Саратовской таможни.
В 2003 году Агепсим Ашкалов был назначен начальником Саратовской таможни. В 2004 году возглавляемая им таможня была признана «Лучшей среди таможен 1 категории по всей системе таможенных органов России».
В 2008 году был назначен начальником Минераловодской таможни Южного таможенного управления. В 2009 году Минераловодская таможня заняла 3 место в конкурсе на лучший коллектив таможенных органов Южного таможенного управления (номинация «Лучший коллектив пограничной таможни»).
С 2010 года Агепсим Ашкалов возглавлял созданное в этом же году Северо-Кавказское таможенное управление.
За высокие показатели в деятельности по защите экономических интересов России Агепсим Ашкалов награжден государственными и ведомственными наградами.