В таможенных органах Дмитрий Колыханов с 1998 года, начинал с должности инспектора организационно-инспекторского отдела Западно-Сибирского таможенного управления. В разное время занимал должность заместителя начальника Новосибирского таможенного поста Новосибирской таможни, заместителя начальника службы организации таможенного контроля Сибирского таможенного управления, возглавлял отдел таможенных складов, временного ввоза и специальных таможенных режимов Главного управления организации таможенного оформления и таможенного контроля ФТС России.
Перешел на должность начальника Кемеровской таможни с должности первого заместителя начальника Алтайской таможни.
За добросовестное исполнение служебных обязанностей, многолетнюю и безупречную службу Дмитрий Колыханов неоднократно поощрялся благодарностью Федеральной таможенной службы, награжден медалями «За службу в таможенных органах» III степени и «За усердие», нагрудным знаком «Отличник таможенной службы».
