Задачи, стоящие перед Федеральной таможенной службой и Федеральной налоговой службой, объединены общей целью защиты экономических интересов государства. Именно поэтому взаимодействие с налоговыми органами в Южном таможенном управлении традиционно является одним из важнейших направлений.
На этапе после выпуска товаров таможенные органы Южного таможенного управления координируют свою деятельность с коллегами из налоговых органов в ходе проводимых проверочных мероприятий, обмениваясь информацией, имеющей отношение к внешнеэкономической деятельности налогоплательщиков.
В 2017 году во взаимодействии с налоговыми органами завершено 75 проверок, в том числе 47 скоординированных контрольных мероприятий. По их результатам таможенными органами доначислено таможенных платежей, пеней, наложено штрафов на общую сумму 331 млн рублей, взыскано 202,5 млн рублей, возбуждено 204 дела об административных правонарушениях и 7 уголовных дел. Налоговыми органами доначислено 612,4 млн рублей налоговых платежей, возбуждено 5 дел об административных правонарушениях и 1 уголовное дело. Отказано в возмещении НДС налоговыми органами на сумму 87,36 млн рублей.
Углубление межведомственного обмена информацией при проведении контрольных мероприятий приносит ощутимые результаты. В 2017 году отмечается рост доначисленных таможенных платежей более чем в 2 раза (со 146 млн рублей до 331 млн рублей), а также увеличение с 35 до 204 количества возбужденных дел об административных правонарушениях, что связано как с общим ростом количества проверок, проводимых в координации с налоговыми органами, так и с улучшением качества таможенного и налогового администрирования деятельности налогоплательщиков-участников ВЭД.
Реализуемый в настоящее время Министерством финансов Российской Федерации единый механизм администрирования налоговых, таможенных и других фискальных платежей планирует соединить в единую систему контроля процессы налогового и таможенного администрирования, включая оценку благонадежности участников внешнеэкономической деятельности по налоговым и таможенным рискам. Это позволит более эффективно осуществлять контроль таможенной стоимости товара и уплаты налогов и таможенных платежей от момента выпуска для внутреннего потребления до розничной реализации или переработки.