Подписан Указ от 16 июля 2019 года № 335 «Об утверждении положения о знамени Федеральной таможенной службы, описаний и рисунков знамени, флага и эмблемы Федеральной таможенной службы, типовых образцов знамен региональных таможенных управлений, таможен и образовательных организаций, находящихся в ведении Федеральной таможенной службы, описания и рисунка вымпела водных судов таможенных органов Российской Федерации».
Эмблема ФТС России представляет собой увенчанного коронами золотого двуглавого орла с поднятыми крыльями, грудь которого закрывает зеленый щит. На щите расположены перекрещенные золотые факел и кадуцей.
Знамя Федеральной таможенной службы состоит из двустороннего зеленого полотнища с каймой белого цвета. По всему периметру зеленого поля проходит золотистый плетеный орнамент в рамке этого же цвета. На лицевой стороне знамени, в центре полотна – главная фигура Государственного герба Российской Федерации: золотой двуглавый орел, поднявший вверх распущенные крылья.
На оборотной стороне знамени находится эмблема ФТС России.
Флаг ФТС России – зеленое прямоугольное полотнище с белым диагональным крестом.