Приказом от 22.08.2011 N 1708 утверждено положение об Управлении по противодействию коррупции. Данное управление является специальным оперативным структурным подразделением центрального аппарата ФТС, наделенным полномочиями органа, осуществляющего оперативно-розыскную деятельность в целях обеспечения противодействия коррупции, обеспечения собственной безопасности таможенных органов, а также создания необходимых условий для наиболее эффективного и качественного выполнения таможенными органами задач по защите экономических интересов и экономической безопасности РФ.
Общее руководство оперативно-служебной деятельностью Управления осуществляет заместитель руководителя ФТС России, курирующий оперативно-розыскную работу таможенных органов. Определены функции, права и направления деятельности управления.