Приказом от 10.10.2012 N 2040 с 5 февраля 2013 г. штатная численность госслужащих таможенных органов, расположенных в Северо-Западном федеральном округе, сокращается на 943 штатные единицы. Реорганизуются Вологодская, Новгородская, Сыктывкарская и Санкт-Петербургские таможни в форме присоединения Вологодской, Новгородской и Сыктывкарской таможен к Санкт-Петербургской таможне.
Организуются Боровичский, Вологодский, Череповецкий (ЦЭД), Воркутинский, Вытегорский, Жешартский, Новгородский, Новгородский ЦЭД, Сыктывкарский, Усинский, Ухтинский, Череповецкий, Чудовский, Эжвинский таможенные посты Санкт-Петербургской таможни.
В регион деятельности Санкт-Петербургской таможни включены Вологодская и Новгородская области, Республика Коми.