Алтайская таможня активно использует современные информационные технологии, которые помогают участникам ВЭД. Уже больше трех лет в Алтайской таможне все таможенные декларации подаются и выпускаются в электронном виде. При этом Алтайской таможне удалось достичь реального сокращения сроков выпуска товаров в 2,5 раза. Использование сети Интернет повышает качество таможенного контроля, максимально упрощает и ускоряет процесс декларирования товаров, что способствует улучшению инвестиционного климата в России. Немаловажным фактором является антикоррупционная направленность данной технологии: исключается прямое общение таможенника с участником внешнеэкономической деятельности.
Электронное декларирование стало основой для дальнейшего преобразования таможенной сферы на основе информационных технологий, внедрения технологии автоматической регистрации декларации на товары и технологии "удаленного выпуска товаров". Алтайской таможней активно используется технология удаленного выпуска, при которой декларант имеет возможность подать таможенную декларацию в электронном виде в любой таможенный орган, вне зависимости от местонахождения товаров. В настоящий момент Барнаульский таможенный пост может принимать таможенные декларации на товары, находящиеся в регионе деятельности таможенных постов ЖДПП Забайкальск (Читинская таможня), Аэропорт Толмачево (Новосибирская таможня), Ташантинский (Алтайская таможня), Себежский (Северо-Западное таможенное управление), Стабнинский (Смоленская таможня), и производить их таможенное декларирование удаленно. Удаленный выпуск позволяет бизнесу оптимизировать логистику поставок и снизить непроизводственные затраты.
В 2016 году Алтайская таможня вышла на новый уровень реализации эксперимента по внедрению автоматической регистрации таможенных деклараций, который начался два года назад. В настоящий момент все таможенные посты Алтайской таможни имеют возможность регистрировать декларации на товары без непосредственного участия должностных лиц таможенных органов при помещении товаров под таможенные процедуры экспорта (вывоз) и выпуска для внутреннего потребления (ввоз).
С начала 2016 года Алтайской таможней автоматически зарегистрировано более 2000 таможенных деклараций (пятая часть всех деклараций на товары).
Кроме того, с марта 2016 года все таможенные посты Алтайской таможни могут не только регистрировать экспортные таможенные декларации в автоматическом режиме, но и выпускать их в электронном виде без участия инспектора.
В настоящее время введено обязательное предварительное информирование таможенных органов о товарах, перемещаемых через таможенную границу Евразийского экономического союза автомобильным и железнодорожным транспортом. Следует отметить, что с 1 апреля 2017 года вводится обязательное предварительное информирование о товарах, возимых на таможенную территорию воздушным транспортом.
В течение 2016 года осуществляется поэтапное внедрение электронного декларирования таможенного транзита. Использование данной технологии позволяет обеспечить однократное представление участником ВЭД документов, необходимых для совершения таможенных операций, а также использование представленных документов на всех этапах таможенного оформления.